『무궁화꽃이 피었습니다』 줄거리 경찰 출입기자 권순범은 1978년 겨울에 일어난 의문의 살인사건에 대해 전해 듣게 된다. 이때 살해당한 이는 핵물리학자 이용후로 밝혀지고, 그의 죽음 뒤에는 거대한 음모가 있었음이 드러난다. 권순범은 국내 연고자가 없는 것으로 알려진 이용후가 대통령의 직권으로 국립묘지에 안치된 것에 비밀이 있을 것이라 생각하여 보다 본격적으로 사건을 파헤친다. 그동안 남북한 공동 핵 합작 협의가 이어지고, 이용후의 죽음을 비롯한 여러 갈래의 사건들이 남한의 핵 개발과 연관되어 있음이 드러난다. 대한민국을 향한 미국, 일본의 견제는 오히려 남북한 핵 합작에 강력한 동기부여가 되어주면서, 정부는 끝내 핵 개발에 성공하고 순범은 그동안 추적해온 과정을 바탕으로 한반도의 국방전략을 제시하는 국방부 시나리오를 작성한다. 그 뒤 한국의 핵무장을 가만히 두고 볼 수 없었던 일본은 독도 공습을 강행하고 이 과정에서 대한민국 국민이 희생되며 양국 간의 긴장이 극에 달하게 된다. 이윽고 대한민국을 마비시키고자 주요 시설까지 공격로를 확장하는 일본의 폭력 앞에 무력한 대한민국은 또 다시 절망에 빠진다. 그때 태백산 중턱의 동굴에서 아무도 예상하지 못했던 일이 일어나는데….

1. 비밀구좌 2. 보이지 않는 전쟁 3. 개코의 죽음 4. 가네히로의 정체 5. 의혹 6. 드러나는 그림자 7. 인도의 영웅 8. 싱크로니시티 9. 대통령의 각서 10. 플루토늄의 행방 11. 남북 핵 합작 12. 13년 만의 회의 13. 살인교향곡 14. 동토의 살아 있는 신 15. 의혹의 순간들 16. 천재의 추리 17. 위장 망명 18. 외로운 여자 19. 정보를 파는 사람들 20. 노스웨스트 730 21. 가네히로의 죽음 22. 두 여자 23. 국방부 시나리오 24. 일본 재벌의 음모 25. 일본의 내각회의 26. 백악관의 안전보장회의 27. 독도 침공 28. 한국의 대응 29. 1999년 겨울 30. 남과북 31. 거룩한 용서

어째서 한반도만 안 되는 것인가? 하느님이 한반도만 핵무기를 보유하면 안 된다고 성경에 남기셨는가? 아니면, 국민들이 핵무기는 개발하지 말자고 투표를 했는가? 해답은 오로지 힘이었다. 힘이 없으니 나라도 찢겨 있고, 이웃 나라가 재무장으로 치닫고 핵개발까지 하는데도 말리기는커녕 되레 자기 동포가 핵개발을 하려 한다며 목청 높여 소리치고 있는 것 아닌가? (1권/일본 열도/420~421쪽) “아시아에 의한 아시아의 방위는 우리의 원대한 구상이 담겨 있으니만큼 이번에 상당히 큰 기대를 갖고 있었는데, 첫출발부터 이상하게 됐습니다. 어쨌거나 한국이 지나치게 강력해지는 것은 여러 가지 문제를 야기하게 되는 것이니, 이 점을 각별히 유의하여 앞으로의 정책에 반영하도록 해야 할 것입니다.” (1권/가네마루/104~105쪽) “이렇게 서술해보고 저렇게 해석해봐도 고난과 비애만이 가득 찬 비통한 우리의 역사가 아닌가? 한 번도 남을 침략하지 않고 양순하고 선량하게만 살아왔던 겨레이건만 어째서 우리는 주변 이민족들로부터는 온갖 속박과 굴레를 당해야만 했던가?” (2권/거룩한 용서/462쪽) 눈을 가리는 왜곡된 논리의 안경을 벗어 던지고 진정한 민족의 길을 찾아 나가는 용기만 가지면 한민족은 북반구의 한곳에 훌륭하게 자리 잡고 살아갈 자격이 있다고 거듭 다짐하는 순범의 망막에 희미한 모습 하나가 떠오르더니 점차 선명해지며 가까이 다가왔다. (2권/거룩한 용서/462~463쪽) “각하께서도 아까 말씀하셨습니다만, 지금 중국과 일본은 무서운 속도로 군비를 증강하고 있습니다. 주변 국가가 이렇게 군비를 키워나간다면 우리도 그에 상응하는 조치를 취해야만 한다는 것이 역사의 교훈입니다. 그렇다고 해서 강대국인 일본과 중국을 상대로 끝없는 재래식 군비의 확장에 매진할 수는 없습니다. 바로 우리나라와 같은 형편에 꼭 필요한 무기 체계가 바로 핵무기입니다. 지금 많은 사람들이 우리는 미국에 의존해서 국토 방위를 할 수밖에 없다고 말하고 있습니다. 그러나 우리는 미국에 국방을 의존하는 대가로 수많은 수모를 겪어야만 했습니다. 그리고 미국이 영원히 우리의 보호자가 되어줄 것이라고, 미국이 러시아, 중국, 일본에 앞서서 우리나라를 제일로 생각해줄 것이라고 누가 보장할 수 있습니까? 또 미국은 우리의 적이 되지 않는다고 누가 장담할 수 있습니까? 우리에게 진정 필요한 것은 우리 자신의 힘이요, 우리 자신의 의식입니다. 지구상의 어느 나라가 우리나라처럼 사면이 초강대국에게 둘러싸여 있습니까?” (2권/플루토늄의 행방/147~148쪽) 우리는 진정한 우리 민족의 길을 찾아 나가야만 합니다. 이 길은 미국이 가르쳐주는 것도 아니고 일본이 가르쳐주는 것도 아닙니다. 오직 우리 국민들 스스로가 찾아 나가야 하는 멀고도 험한 길입니다. 각하, 따지고 보면 빤히 보이는 것 아니겠습니까? 세상의 어느 나라가 강대국이 되는 것을 싫어하고 스스로 포기한단 말입니까? 핵을 가지는 것이 세계 평화를 위협하는 일이라면, 전세계에 있는 모든 핵무기는 폐기되어야만 합니다. 강대국들은 핵을 보유하고 있으면서 약소국들은 핵을 가져선 안 된다는 그들의 주장, 이것은 얼마나 모순된 말입니까? 각하, 진정한 민족의 영도자가 되어주십시오. 이 일은 대통령께서 결심하지 못하면 영원히 불가능한 일입니다. 결심해주십시오. 진정한 민족의 길을 가시겠다고 결심해주십시오.” (2권/플루토늄의 행방/148~149쪽)